Zidane chuyển đến FC Girondins de Bordeaux vào mùa hè năm 1992 khi vừa tròn 20 tuổi. Ông đã ghi 10 bàn thắng trong mùa bóng đầu tiên và 6 bàn trong 3 mỗi mùa bóng kế tiếp và trở thành linh hồn của đội bóng.

Ở đây, với sự kết hợp của bộ tam hoàn hảo gồm Zidane, Bixente Lizarazu và Christophe Dugarry ở ba tuyến, Bordeaux đã đoạt được cup Intertoto để bước vào đấu trường châu Âu bằng "cửa hậu".

Tại giải đấu này, Bordeaux đã gây bất ngờ lớn khi hạ gục A.C. Milan 3-0 sau khi thúc thủ 0-2 ở trận lượt đi nhờ sự toả sáng của Zidane và Dugarry.

Trong trận tứ kết với Real Betis, Zidane sút tung lưới đội bóng Tây Ban Nha này bằng một cú nã đại bác kinh điển từ khoảng cách 40 m. Ở trận bán kết với Slavia Praha, ông trình diện làng bóng đá thế giới cú lừa bóng điệu nghệ theo kiểu xoay người 180 độ (roulettes) và nhiều cầu thủ sau đó đã bắt chước.

Ở trận chung kết lượt đi với Bayern München, Zidane bị treo giò. Đội bóng rượu vang không Zidane đã để thua 0-2 và sau đó để mất chiếc cup UEFA năm 1996 vào tay đối thủ.

Ngay năm 1995, đội đương kim vô địch Premiership Blackburn Rovers F.C. đã có ý định ký hợp đồng với Zidane. Chính huấn luyện viên Kenny Dalglish công khai bày tỏ mong muốn có được Zidane và Dugarry trong đội hình. Tuy nhiên, khi đề nghị mua cầu thủ được đệ trình đến ông chủ của Blackburn là Jack Walker thì ông này đã tuyên bố: "Việc gì phải ký hợp đồng với Zidane khi đội ta đã có… Tim Sherwood?"[10]